在本次返场招募的忍者中，有一位绝对不会站在充满阳光的历史舞台上，只会在繁盛树叶影子中飞舞的重要角色，他便是人称“体现忍之黑暗者”的志村团藏。今天，豚豚就来和大家讲讲他的故事。
志村团藏是暗部中的特殊部队“根”的领导者，同时也是三代火影猿飞日斩的同窗好友。
作为二代火影千手扉间的弟子，团藏完美继承了扉间激进且冷酷的思想，他行事作风强硬，对宇智波一族非常不信任。那场贯穿火影全剧的重要悲剧事件——宇智波灭族惨案，就是团藏一手策划并推进的。
不仅如此，团藏还通过此次行动，获得了诸多写轮眼，并在自己的右臂上移植了十只。此外，他还将从宇智波止水那里抢夺而来、拥有特殊瞳术别天神的写轮眼移植到了自己的右眼上。这份对写轮眼的执着在游戏中也有体现，当他站立在原地时，团藏会不时地查看自己右手写轮眼的数量。
由于团藏身上的十一只写轮眼具有极强的精神能量，所以需要移植初代火影千手柱间的细胞来增加肉体能量与之平衡。这也就是游戏中，团藏可以使用普通技能树根暴葬的原因。
与五代火影纲手的主张不同，在佩恩袭击木叶期间，团藏为了阻止纲手将修炼中的鸣人叫回木叶村，暗中杀死了妙木山的联络蛙，让木叶陷入巨大的危机之中，并以此为由将责任全部推到五代火影纲手身上。随后纲手由于使用查克拉过度不省人事，团藏趁机夺取火影之位。
在那之后团藏又以火影的身份，参加了五影会谈。这期间他利用止水写轮眼的能力控制三船，企图夺取忍者联军领导权，不料却被来自水之国的青所识破。恰巧此时得知了鼬背后真相的佐助赶到五影会场，为团藏创造了逃脱的机会。为了向团藏复仇，佐助对其紧追不舍，二人难以避免地展开了一场激斗。
在这场对决中，团藏施展了高超的风遁忍术技巧，这也是游戏中忍者志村团藏的普通技能风遁·真空大玉对这一情节的还原。
同时在这场对决中还首次展示了写轮眼的另一种特殊能力——伊邪纳岐。即为以一只写轮眼失明为代价，改写一次已经发生的事实。对决中团藏多次释放伊邪纳岐回避了佐助造成的致命伤害，在游戏中则表现为一种通过消耗奥义点开启的强化buff，在此状态下，即使团藏被敌人清空血槽，也会瞬间复活返回战场。
最后，团藏被佐助逼入绝境，为了不让宇智波止水的写轮眼和别天神落入他人之手，团藏企图使用里四象封印术和佐助一起同归于尽，但被和佐助一起行动的“神秘面具男”察觉而失败。在游戏中，忍者志村团藏在开启伊邪纳岐状态后便可以释放强大的里四象封印术，对敌人造成大量伤害。
